En plus des analyses physico-chimiques classiques, l’étude de la qualité d’un cours d’eau, peut être complétée par une évaluation de la qualité biologique du milieu. En effet la composition de la faune (ou de la flore) aquatique varie en fonction des paramètres du milieu (température, pente, habitat, pollution...).
L'étude des différents organismes présents dans l'eau permet ainsi d'avoir une idée de la qualité de l'eau et de la qualité morphologique de la rivière. On parle alors d'indices biologiques. Ces mesures visent à caractériser les perturbations par leurs effets et non par leurs causes, elles sont complémentaires des analyses physico-chimiques. Nous présentons ici les deux principaux étudiés dans le réseau qualité ligérien.